咳嗽的原因是因肺气上逆、冲激咽喉，时常会伴有喀痰。俗话说：“名医不治咳喘。”“穷人怕屋漏，医师怕咳嗽。”咳嗽有时真的很不好治，治了大半天不见好，把大夫名声都搞坏了。
黄帝内经的《咳论》篇中提到：“五脏六腑皆令人咳，非独肺也。”咳嗽不光是感冒、气管发炎等导致，很多内脏的疾病也会牵连到肺而致咳，如心脏衰竭引发肺积水的咳，肝火炽盛、木火刑金导致肺失清肃的干咳。后世把咳嗽简化的分为：由急性感染造成的归为“外感咳嗽”，而非感染性造成的咳嗽称为“内伤咳嗽”。
肺为娇脏，不耐寒热，受不得任何邪气，寒热痰火瘀虚等不协调状况在肺中出现，皆有可能致咳，例如风寒郁肺，肺失宣肃而咳嗽；痰湿困脾，上渍肺窍而致咳等等，所以辨别致咳原因，对症治之是最好的办法。外感咳嗽最常见的就是“风寒”与“风热”两种，前者鼻塞、流清涕等寒象明显等，后者咽痛、痰稠等热症明显，同用宣发之药，但一寒一热，治疗效果就有不同。中医还有一种咳嗽，叫做燥咳，症状常伴有呛咳，咽干痛而少痰等，此时要用润肺的药，如沙参、桑叶、玄参等，才能恢复肺宣肃之性，缓解咳嗽。
咳嗽咳久之后，就进入内伤咳嗽阶段，此时外邪因素减少，多是内发之因，如痰湿、痰热、肝火、气虚、阴虚等等状况，此时也要对症治之，讲白一点，带有调体质的意味在内，咳嗽才会好。常有人感冒咳嗽之后，变成百日咳，甚至咳个一年半载，就是内伤咳嗽没有对症治之，一直用一些止咳成药，因而拖很久。
在治疗内伤咳嗽的时候，常常要增强体质，咳嗽才会好，中医称之为“扶正祛邪”。扶正，就是增强脏腑功能，如阴虚补阴，阳虚补阳等等；祛邪，就是针对痰浊、水湿、瘀血等，为治标之法，这对迁延性、慢性咳嗽，常要考虑这一点。
中医有培土生金、补肾纳气等，也是针对增强体质的方面。但在咳嗽伴有严重细菌感染时，常可配合抗生素治疗，这是比较快的，因为细菌感染抗生素还是有较大的优势。但是现在咳嗽严重的，西医常会配合抗生素的使用，这又是另一回事了，因为此时抗生素的作用是为预防病情转剧的先行使用法，不一定是针对细菌感染在使用的。
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