厉害了我的悉尼研究员！新方法4小时就能测新冠感染源！

利用悉尼研究员新开发的新冠病毒基因组测序方法，四小时内就能测出新冠感染源。

新州病理学（NSW Health Pathology）和圣文森医院（St Vincent’s Hospital）的Garvan医学研究所（Garvan Institute of Medical Research）研究员及新州大学的科比研究所（Kirby Institute）一同合作，利用现有的测序技术，研发出更快的新冠病毒追踪方式。

上周，这项被称为Nanopore的技术被用在一起隔离酒店感染病例，一天内就测出海外变异病毒，此前，感染基因组测序得耗时两到三天。

「如果你想知道你完整的病毒测序，你得等上几天，但如果你只是想知道病毒来自世界上的哪里，那你当天或甚至几小时内就能知道。」新州病理学的新王实验室（Prince of Wales lab）高级病理学家Bill Rawlinson教授说。

Rawlinson教授表示，快速发现这名女性很可能不是在小区感染病毒，让接触追踪员松一口气。

利用「散弹枪测序」和其他基因组测序方式进行检测，让卫生当局推断她的感染源是来自待在酒店的美国航空机组人员。基因组测序是利用定位病毒变化过程，来推断病毒来源。

利用该技术将西悉尼Crossroads酒店病例、维州病例和最近一连串的阿德莱德（Adelaide）病例，以及入住隔离酒店的英国回国的旅客串联起来。

原本这些检测结果需要等上几天，但Nanopore可以在4小时内得到结果，因为该技术对可测序的DNA片段长度没有上限。

周四发布在《自然通讯》（Nature Communications）上的一篇论文中，研究人员提出了利用该技术追踪新冠病毒的分析证实和最佳实施指南。

「Nanopore像是基因组领域的新秀。」Garvan的基因技术小组负责人说。

他说，利用Nanopore进行基因组测序的过程大致和散弹枪测序一样，将样本中的病毒分离并大量复制。

然而，散弹枪测序需要把100至150个短的基因片段「拼接」在一起来分析，Nanopore则透过不断将DNA链送入一个端口，利用时间内产生的电流来测量。

「准备和进行该实验的程序都快多了，缩短处理时间对新冠病毒研究和接触追踪来说都是相当重要的。」Dr Deveson说。

Nanopore测序所使用的设备只有一部智能型手机那么大，且只需要用一台笔记本计算机就可以使用，这样就有机会直接在医院进行测序，而不需要将材料送到实验室。

Nanopore过去曾被研究员用于西非的伊波拉病毒（Ebola outbreak）。

虽然之前的研究对该技术的准确率有所疑虑，但新的研究发现Nanopore在新冠病毒上有很高的准确率，在157个新冠病患样本中，检测病毒变异的灵敏度和准确率都超过99%。

 

Rawlinson教授表示，他认为这种方法的准确率比散弹枪测序低，但在新州病理学的新冠病毒追踪上和其他基因组测序方法相比，仍有一定的功用。他认为这项技术在需要快速且粗略了解未知的病历来源时最有用，像是这次隔离酒店的病例。