1947年7月17日至9月13日，中共中央工作委员会在西柏坡召开全国土地工作会议，东北局派黑龙江省委的赵德尊率领东北代表团出席会议，还要专门向刘少奇汇报东北第二次国共内战初期关于东北战略方针问题的争论情况。而就在这个时候，高岗开始对刘少奇产生了一些不满。高岗后来在《我的反省》中道出事情原委。
高岗曾集东北党政军大权于一身，号称“东北王”（图源：维基百科公有领域）
北满分局与东北局合并后，1946年6月16日，中共中央对东北局领导班子进行调整：以林彪为东北局书记、东北民主联军总司令兼政委，以彭真、罗荣桓、高岗、陈云为东北局副书记兼副政委，并以林、彭、罗、高、陈5人组成东北局常委（高岗兼秘书长）。
坐镇东北局
毛泽东派高岗到东北，是要让他在国共两党争夺大东北的战略决战中发挥更大的作用。高岗后来常自豪地说，当年毛主席派他来东北时对他说：“彭真已经先去了，你创建根据地有经验，你去帮帮他。”不管高岗说的是真是假，反正他的北满分局委员只当了半年多，就被任命为东北局副书记。并且，东北局很快就形成了林彪在前线指挥作战、高岗在后方主持工作的局面。
虽然东北局副书记还有彭真、罗荣桓和陈云，而且彭真、罗荣桓还排在高岗之前，但身患肾癌的罗荣桓在1946年7月《七七决议》通过后就去苏联治病，1947年6月回国后也基本上是随同林彪在前线指挥作战；彭真则于1947年4月调离东北，参加在河北省平山县西柏坡召开的全国土地会议并留在中央工作（任中共中央组织部部长）；陈云更是早在彭真离开之前的1946年10月就奔赴南满，担任南满分局（也称辽东分局）书记和辽东军区政治委员。所以，东北局的五大书记当中，只有高岗坐镇哈尔滨，主持东北局的工作。
对刘少奇产生隔阂
1947年7月17日至9月13日，中共中央工作委员会在西柏坡召开全国土地工作会议，东北局派黑龙江省委的赵德尊率领东北代表团出席会议。临行前，高岗代表东北局与赵德尊谈话，让其到西柏坡后，除在会议上汇报东北土地改革的情况外，还要专门向刘少奇汇报东北解放战争初期关于东北战略方针问题的争论情况。而就在这个时候，高岗开始对刘少奇产生了一些不满。
高岗后来在《我的反省》中说：当时赵德尊去平山开土地会议，我们让他向刘少奇汇报东北的情况，其中包括对东北工作方针的争论、彭真等人的错误，以及根据中央决定对东北局进行调整等情况，希望少奇支持我们的工作。但是少奇听了汇报后，不说东北争论的是与非，只说“要注意团结，不要落井下石”。赵德尊回来传达少奇的谈话后，我们很不理解：明明是纠正错误，怎么说是“落井下石”、“不团结”？因此认为少奇对彭真等人的错误有些袒护，不支持我们的工作。从此对少奇产生了隔阂，但这只是工作上的问题。
成为东北局书记
1948年11月，林彪和罗荣桓率领东北野战军入关后，高岗担任了东北军区司令员兼政治委员，成为东北局的主要负责人。东北局于1949年2月14日至20日在沈阳召开了常委会议。这次会议讨论总结了东北党内的历史问题，研究确定了面临的新形势和新任务，明确了东北局从现在起就应当把经济工作作为工作的重心。
应当说，这次会议在东北地区发展的新时期及时地总结了历史经验教训，指明了今后工作的前进方向，意义是重大的。但是，胸怀不够宽广的高岗在会议讨论东北解放战争初期关于战略方针的争论时，仍然有突出自己正确、贬低别人错误的倾向。东北局常委林枫在会上讨论时承认自己当时“心中无数”，高岗就在后来时常抓住林枫这句话抨击其“心中无数”、“水平太低”，在一定程度上影响了东北局内部的团结一致。
1949年3月11日，中共中央对东北局领导班子进行了调整，任命高岗、李富春、张闻天、林枫、张秀山、李卓然等组成中共中央东北局，高岗任书记。
访问苏联产生不少“故事”
在医治战争创伤、恢复经济建设的繁忙工作中，高岗于1949年6月又接受了一项重要使命–中共中央决定组成以刘少奇为团长，高岗、王稼祥为成员的代表团，去苏联秘密访问。围绕着高岗的这次苏联之行，后来产生了不少的“故事”：有人说高岗挟洋自重，讨好苏联，斯大林也特别欣赏高岗，把他特殊化；有人说高岗向斯大林建议宣布东北为苏联的第十七个加盟共和国，把国土拱手让给外人；也有人说高岗在苏联公开顶撞刘少奇，刘少奇向毛主席作了汇报，毛主席才将高岗提前召回国……
7月30日，刘少奇代表中国政府和苏联签订了苏联共产党向中国共产党提供3亿美元贷款的协定。高岗没有参加签字仪式，而是于当日返回国内。因为按照斯大林的提议并经中国共产党同意，由于中华人民共和国尚未成立，所以这次中共代表团出访苏联，冠以“东北商务代表团”的名义。双方已达成贷款协议，高岗出访苏联的主要任务已经完成，而即将召开的东北人民代表会议尚有一系列重要事宜需要高岗回来协商，所以，党中央决定高岗先期回国，刘少奇继续留在苏联商谈两党之间的其他问题。按照事先的商定，在高岗回国的第二天，苏联《真理报》发表了“东北商务代表团”出访莫斯科的报道。同一天，《人民日报》以《东北人民政府商业代表团赴苏谈判达成通商协定》为题，也做了报道。
也许个人确实跳不出历史的摆弄，高岗的这次出访只是代表团的成员之一，负责人是刘少奇，可最后在媒体上露面的却是高岗。不过，此时的这种安排并不是因为高岗有多么特殊，也不是像一些书中所说的那样，“他深受斯大林的赏识”等。当时以高岗的名义发布消息完全是因为中苏两国外交政策的需要，也是中苏两党协商一致的结果。
纳闻 | 真实新闻与评述：高岗回忆刘少奇袒护彭真得罪自己